能备份及恢复用友软件中最后一年的数据吗？比如做了2015年和2016年的账。然后可以只备份2016和恢复2016年的账吗？

用账套主管登录系统管理，选择账套，年度选择2016年登录，点年度帐，里面有年度帐的备份和恢复。

那会覆盖掉2015年的账套吗？

不会覆盖，只是某个年度的备份和年度账套恢复。